封鎖された惑星

銀河共和国が交易路への課税をめぐって揺れていたころ、巨大な企業連合である通商連合は、抗議として惑星ナブーを艦隊で封鎖した。最高議長ヴァローラムは事態を収めるため、ジェダイ・マスターのクワイ＝ガン・ジンと弟子のオビ＝ワン・ケノービを交渉役として送り込む。

しかし通商連合の背後には、シス卿ダース・シディアスがいた。シディアスの指示を受けた通商連合は二人の命を狙い、さらにドロイド軍でナブーに侵攻する。

女王の脱出

ナブーを統治する若い女王パドメ・アミダラは、クワイ＝ガンたちに救い出され、共和国の首都コルサントへ助けを求めに向かった。途中、損傷した船を直すため砂漠の惑星タトゥイーンに立ち寄り、クワイ＝ガンはそこで奴隷の少年アナキン・スカイウォーカーと出会う。強いフォースを感じたクワイ＝ガンは、アナキンを連れて旅を続けた。

コルサントの元老院は対応を委員会に回し、すぐに動こうとしなかった。アミダラは議会に頼ることをあきらめ、自らナブーへ戻る決意をする。

ナブーの戦い

アミダラは、それまで距離を置いていた水中の民グンガンの指導者ボス・ナスに協力を求め、両者は手を結んだ。グンガンの軍勢が草原でドロイド軍を引きつけているあいだに、女王たちは宮殿に潜入し、通商連合の総督ヌート・ガンレイを捕らえる。宇宙では、戦闘機に乗り込んだアナキンが敵のドロイド司令船を破壊し、地上のドロイド軍は動きを止めた。

宮殿の奥では、シスの暗殺者ダース・モールがクワイ＝ガンを倒した。オビ＝ワンはその場でモールを打ち破る。

なにが変わったか

ナブーは解放されたが、ジェダイは千年ぶりにシスが姿を現したことを知った。オビ＝ワンはクワイ＝ガンの遺志を継いでアナキンを弟子に迎える。

一方、この危機の最中に、ナブー選出の議員パルパティーンが共和国の最高議長に選ばれていた。事件を裏で操った人物が、共和国の頂点に立ったことになる。